从不同场合听说过ImageJ这款开源软件，至少包括水南、土木坛子，还有小木虫。据说是进行图片处理、写报告、做ppt的利器。

前段时间做了一个项目，一家提供服务的国际公司扔给我近30G的数据，打开一看，全是tiff图片，把我眼睛看花了也没看出什么名堂，反复咨询那家公司的咨询师，在一个偶然的情况下，她再次扔给我一个名字叫fiji.app的文件夹，点开一个，里边躺着一个ImageJ.exe，百度一搜，出来了斐济和Fiji is just ImageJ。看来开源界的牛人们都一个德行，那个GNU是GNU's Not UNIX的缩写...

能有幸接触这么牛的工具，自然是兴奋不已，于是花了整整三天来学习这个软件的使用。写这个博客，也是为了记录一下，因为这款软件的教程和手册实在是太少了，不管是什么语言的，真不知道那些介绍这款软件的高人们是怎么入门的。好了，言归正传，列出几点被小小折磨了一下的干货。

首先Fiji是imageJ的一个分支，是一个封装了很多有用插件的增强版imageJ，很多用法应该和imageJ是一样的。

第一个问题是，怎么启动这个软件...如果像我一样，喜欢把这种不用安装的绿色软件不放到C盘的话，可能是要吃一点苦头。这货无论如何都不启动，只看到鼠标闪了一下，什么提示都没有，然后就没有然后了，让新手无比惶恐。搜了半天总算找到只言片语，提示要放到java的所在盘符，赶紧把文件夹拷到C盘，终于能启动了，见到传说中的imageJ的样子。

//////////// 2020-1-16日更正一下，ImageJ或者Fiji是可以放到任意盘下的，但是不能放到有中文的目录下，比如F:\Tools\ImageJ这类的目录，是没有任何问题的。 /////////////

imageJ软件似乎吃内存严重，所以很多教程都提示首先应该configuration，我尝试过，不这么干的话，我4G内存的台式机很快就要踹粗气，需要到edit-option-memory and threads下设置合理的数值。

还需要注意的一个问题，似乎需要每做一次配置或者插件安装之后，都需要完整的退出软件，然后重新启动，否则很容易跳出一个控制台窗口爆一堆莫名其妙的java错误，我没有仔细验证过，但遇到了好几次，解决的办法是到Fiji目录下删除jvm.cfg文件，然后重启软件。

imageJ的功能众多，一时半会也学不完，最重要的当然是奔着我的目的去的。我手上的这一堆图片，实际是一些样品在不同视域下的显微成像图片，我打算把不同视域的图片合并成完整的大图。我信心满满的找了每个功能按钮，只在color下面找到一个merge，搜索合并图片似乎也只能搜到这个merge，这下傻了眼，这个merge是针对同一视域的不同图片merge，我需要的是不同视域图片的合并。那个国外的咨询师明明清楚的告诉我可以用Fiji合并图片的，没办法祭出英语词典，用合并、组合、拼接等等词语去翻译，终于在插件下面找到一个stitching...不好好学英语真是活该!

网上找到一个stitching教程，里边推荐使用mosaicj这个插件，可我下载的Fiji里偏偏没有这个插件，自然是放狗搜索mosaicj了，在github上搜到，手动安装，报错，再搜索，解释说这个插件依赖turboreg插件，再搜索turboreg，再安装，再次报错...

冷静下来，扔掉github上的这两个插件，从官方网站上下了这两个插件重新安装，终于好了。备份一下地址MosaicJ.jar、TurboReg.jar.

似乎事情可以这么完美的结束了，然后我发现，我的这一堆图片，只是部分视域的部分图片，不是一个样品的完整图片，根本不具备拼接的基础条件。

好吧，用了3天时间，学会了一款软件的某个功能，希望有一天能用上。