Fiji is just ImageJ

从不同场合听说过ImageJ这款开源软件,至少包括水南土木坛子,还有小木虫。据说是进行图片处理、写报告、做ppt的利器。

前段时间做了一个项目,一家提供服务的国际公司扔给我近30G的数据,打开一看,全是tiff图片,把我眼睛看花了也没看出什么名堂,反复咨询那家公司的咨询师,在一个偶然的情况下,她再次扔给我一个名字叫fiji.app的文件夹,点开一个,里边躺着一个ImageJ.exe,百度一搜,出来了斐济和Fiji is just ImageJ。看来开源界的牛人们都一个德行,那个GNU是GNU's Not UNIX的缩写...

能有幸接触这么牛的工具,自然是兴奋不已,于是花了整整三天来学习这个软件的使用。写这个博客,也是为了记录一下,因为这款软件的教程和手册实在是太少了,不管是什么语言的,真不知道那些介绍这款软件的高人们是怎么入门的。好了,言归正传,列出几点被小小折磨了一下的干货。

首先Fiji是imageJ的一个分支,是一个封装了很多有用插件的增强版imageJ,很多用法应该和imageJ是一样的。

第一个问题是,怎么启动这个软件...如果像我一样,喜欢把这种不用安装的绿色软件不放到C盘的话,可能是要吃一点苦头。这货无论如何都不启动,只看到鼠标闪了一下,什么提示都没有,然后就没有然后了,让新手无比惶恐。搜了半天总算找到只言片语,提示要放到java的所在盘符,赶紧把文件夹拷到C盘,终于能启动了,见到传说中的imageJ的样子。

imageJ软件似乎吃内存严重,所以很多教程都提示首先应该configuration,我尝试过,不这么干的话,我4G内存的台式机很快就要踹粗气,需要到edit-option-memory and threads下设置合理的数值。

还需要注意的一个问题,似乎需要每做一次配置或者插件安装之后,都需要完整的退出软件,然后重新启动,否则很容易跳出一个控制台窗口爆一堆莫名其妙的java错误,我没有仔细验证过,但遇到了好几次,解决的办法是到Fiji目录下删除jvm.cfg文件,然后重启软件。

imageJ的功能众多,一时半会也学不完,最重要的当然是奔着我的目的去的。我手上的这一堆图片,实际是一些样品在不同视域下的显微成像图片,我打算把不同视域的图片合并成完整的大图。我信心满满的找了每个功能按钮,只在color下面找到一个merge,搜索合并图片似乎也只能搜到这个merge,这下傻了眼,这个merge是针对同一视域的不同图片merge,我需要的是不同视域图片的合并。那个国外的咨询师明明清楚的告诉我可以用Fiji合并图片的,没办法祭出英语词典,用合并、组合、拼接等等词语去翻译,终于在插件下面找到一个stitching...不好好学英语真是活该!

网上找到一个stitching教程,里边推荐使用mosaicj这个插件,可我下载的Fiji里偏偏没有这个插件,自然是放狗搜索mosaicj了,在github上搜到,手动安装,报错,再搜索,解释说这个插件依赖turboreg插件,再搜索turboreg,再安装,再次报错...

冷静下来,扔掉github上的这两个插件,从官方网站上下了这两个插件重新安装,终于好了。备份一下地址MosaicJ.jarTurboReg.jar.

似乎事情可以这么完美的结束了,然后我发现,我的这一堆图片,只是部分视域的部分图片,不是一个样品的完整图片,根本不具备拼接的基础条件。

好吧,用了3天时间,学会了一款软件的某个功能,希望有一天能用上。

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